Nuestra iglesia se encuentra presidiendo la plaza que lleva su nombre, y fue construida en el siglo XVI (parte superior entre los años 1528 a 1539) en el solar que hasta entonces ocupaba una mezquita, de la que aún se conserva el aljibe. Fue parroquial hasta el año 1842 cuando, suprimida, se agregó a la de San José.

La portada debió trazarla Diego de Siloé, ejecutándola los canteros Juan de Alcántara y Pedro de Asteasu, de 1555 a 1556, con arco semicircular enmarcado en columnas corintias adosadas a pilastras y escudos del Arzobispo Guerrero en las enjutas y, encima capillitas con la imágen del arcángel titular, hecha en 1558 por Toribio de Liébana, flanqueada de óculos sostenidos por angelotes. Al lado izquierdo del templo labró el mismo Asteasu otra portada adintelada con pilastras corintias y, sobre su entablamento, un medallón entre volutas con un relieve de la cabeza de San Pedro.
El interior de la iglesia presenta naves con capillas laterales, cuyas obras originales fueron hace siglos expoliadas o repartidas entre otras iglesias. La parte primitiva del templo está dividida en tramos desiguales por tres arcos apuntados que apoyan en ligeras columnas, sirviendo el tramo primero de capilla mayor, que está cubierta con alfarje mudéjar ochavado pintado a lo plateresco y otros dos tramos con techos de faldones. El resto, construido después , es análogo en cuanto a forma de las capillas y los arcos (tres a la derecha y dos a la izquierda), pero carece de éstos en la nave, cubierta hasta la entrada por un artesonado mudéjar. Su retablo mayor original era de Tomás de Morales, discípulo de Siloé, pero en la actualidad no se conserva nada del mismo. El que podemos ver en nuestros días lo realizó el artista Blas Moreno en 1753, el cual estaba decorado por ángeles de Torcuato Ruiz del Peral, quien sería el artífice de la imagen se San Miguel Arcángel, que aún se conserva en la iglesia.
A la larga lista de obras que se perdieron podemos añadir dos retablos en el crucero que se realizaron a finales del XVI, donde se encontraban el Titular de nuestra cofradía, Nuestro Padre Jesús del Perdón, además de unas de unas tablas con el Entierro de Cristo y el Cristo de la Paciencia.
Es de gran significación el papel de nuestra hermandad con respecto al rescate de esta iglesia, ya que gracias a la intervención de sus hermanos, se salvaría de la ruina en que se encontraba sumida, devolviéndole el culto, la vida y en parte la belleza que antaño atesorase.
En la actualidad podemos observar en las capillas laterales:
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Primera por la derecha: Antaño capilla bautismal, y hoy convertida en Sacristía. En su parte alta cuelga un gran lienzo de Nuestra Señora de la Antigua, de características casi idénticas a otro localizado en la parroquia de Santa Ana en el sevillano barrio de Triana.